非淋菌性尿道炎通常可以根治，但部分患者可能因治疗不规范、病原体耐药或重复感染导致病情反复。非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体感染引起，需通过规范用药和生活方式调整实现根治。
非淋菌性尿道炎难以根治的情况多与治疗依从性不足有关。部分患者未完成全程抗生素治疗，导致病原体未被彻底清除。部分菌株对常用抗生素如阿奇霉素、多西环素产生耐药性，影响治疗效果。性伴侣未同步治疗可能造成交叉感染，患者免疫力低下也可能延长病程。反复接触感染源或合并其他泌尿系统疾病时，病情易迁延不愈。
少数患者存在特殊病原体感染或解剖结构异常，可能增加治疗难度。女性患者因生殖道结构复杂，病原体更易潜伏。长期慢性炎症可能导致组织纤维化，降低药物渗透性。部分患者合并糖尿病等基础疾病，影响免疫功能恢复。极少数情况下，病原体变异或混合感染可能需调整治疗方案。
根治非淋菌性尿道炎需严格遵医嘱完成抗生素治疗，常用药物包括盐酸米诺环素、左氧氟沙星等。治疗期间应避免性行为直至症状完全消失，性伴侣需同步检查治疗。保持会阴清洁干燥，每日更换内裤并用沸水烫洗。饮食宜清淡，多饮水促进排尿冲洗尿道，避免辛辣刺激食物。治疗后需复查病原体检测确认根治，出现尿频尿痛等症状复发应及时复诊。