在南京治疗HPV（人乳头瘤病毒）感染时，药物的选择会根据患者的具体病情、感染类型以及身体状况进行个性化定制。一般来说，治疗HPV的药物主要包括以下几类：

1.抗病毒药物：这类药物的主要作用是抑制病毒的复制，从而减缓病情进展。常见的抗病毒药物包括干扰素类药物，如重组人干扰素α2b凝胶。这些药物可以通过增强机体的免疫应答，帮助清除体内的HPV病毒。

2.外用药物：对于由HPV引起的皮肤病变，如尖锐湿疣等，医生可能会推荐外用药物进行治疗。这类药物通常具有局部抗病毒和去除疣体的作用，如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏、斑蝥素软膏等。这些药物需要按照医生的指导正确使用，以确保温和有效。

3.免疫调节剂：免疫调节剂能够调节机体的免疫功能，增强对病毒的抵抗能力。虽然它们不直接杀灭病毒，但可以通过提高机体的免疫力来辅助清除体内的HPV病毒。这类药物的使用需要在医生的指导下进行。

4.中药制剂：中医在HPV治疗中也有其独特的优势。通过辨证施治，采用中药内服、外洗等方式，可以调节患者体内环境，提高机体免疫力，促进病毒清除。中药制剂的使用需要遵循中医的诊疗原则，由专业的中医医生根据患者的具体情况进行配方和治疗。目前，以获得发明专利的中药组方更为有效，能够解决尖锐湿疣复发的困扰。

需要注意的是，药物治疗HPV的效果因人而异，且并非所有HPV感染都需要药物治疗。对于大多数HPV感染者来说，通过增强自身免疫力、保持健康的生活方式等措施，可以在一定时间内自行清除体内的病毒。因此，在选择药物治疗时，患者应该咨询专业医生的意见，根据自身情况制定合适的治疗方案。同时，患者也应该注意保持良好的生活习惯和心态，积极配合医生的治疗，以获得更好的治疗效果。