生理性痛经多是初潮不久后出现的，主要与少女生殖系统没有成熟相关。有时也与精神因素密切相关。也可能由于月经期一些细胞因子如前列腺素E2刺激子宫肌肉收缩，导致子宫一次性缺血或肠痉挛而引起痛经，再加上少女们初来月经，所以这种疼痛的感觉会更加明显。

只要经过详细妇科临床检查未能发现盆腔器官有明显异常者，这种痛经不会引起其他的不良后果。生理性痛经引起的疼痛感觉多为间隙性绞痛、痉挛痛。

一般来说，生理性痛经无需干预，但如果有女孩感觉痛得直打滚，或痛得要晕厥过去，以致影响生活与工作或学习，则需要对症治疗。有些少女的痛经是由于子宫肌肉的收缩或肠痉挛导致，有些少女在痛经时还伴有头痛、头胀的症状，这时口服一些止痛药，也能起到缓解疼痛的效果。