湿疣疱疹的病因男性湿疣疱疹：男性湿疣疱疹为乳多空湿疣疱疹，湿疣疱疹颗粒直径50-55nm无被膜的正20面体构成的湿疣疱疹壳体，具有7900碱基对的环状双链DNA组成，电镜下湿疣疱疹颗粒的大小、形态与口多瘤湿疣疱疹极为相似。乳头瘤湿疣疱疹具有种属特异性，湿疣疱疹尚未能在组织培养或实验动物模型中繁殖。部分患者和使用过免疫抑制剂有关。

吸烟也是湿疣疱疹的独立危险因素。研究表明，吸烟者湿疣疱疹的发病率比不吸烟者高3倍多，且发病率随烟龄和日吸烟支数的增加而增加，同时吸烟能促进湿疣疱疹复发。饮酒影响了机体T淋巴细胞的活性，抑制了机体的免疫力。同时酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲，增加高危性行为，在一定程度上增加了湿疣疱疹的发生和复发。

女性湿疣疱疹：湿疣疱疹易感染黏膜和皮肤的鳞状上皮细胞，性接触部位的细小伤口促进感染发生。多数是由其丈夫或是性配偶传染的。局部潮湿、有炎症及分泌物增多、妊娠、痔疮、合并其它性病等情况下，湿疣疱疹均有可能复发。妊娠期妇女具有较高的湿疣疱疹发病率，且复发率相对较高，这与妊娠期的内分泌功能变化有关。