卵巢冠囊肿有的可长期保持稳定而不发展，故小的卵巢冠囊肿，不一定需要手术，可定期随访。如增大或有症状再手术也不迟。

因其多发生于生育年龄妇女，要求生育者可行囊肿剥除术，不要求生育者可行一侧输卵管切除。亦有报道介入性超声穿刺治疗卵巢冠囊肿，尽量保留正常卵巢组织。

如必须手术治疗，年轻患者可保留其输卵管及卵巢，将阔韧带或输卵管系膜切开，于囊肿周围的疏松结缔组织中进行分离后，将囊肿娩出。若分离过程中因囊壁菲薄而破裂，则将囊壁剥除之，腔内液体无刺激性，不需特殊处理。年老患者则可将输卵管卵巢一并切除，但手术时需特别注意输尿管是否与囊壁紧贴，分离时要轻巧，避免损伤输尿管。

位于卵巢门、宫颈旁的囊肿，分离时要避免损伤血管，如果卵巢门处出血，势必缝扎止血，则以后卵巢的血液供应受到影响而引起此卵巢功能减退。宫颈旁血管丛集，手术时损伤之可引起大量出血，需特别注意。有时囊腔深至阴道旁间隙，囊肿剥除后，其留下的空隙极易渗血，需仔细止血，必要时可置烟卷引流，以免术后成为血肿。如证实有恶变者需行性手术。