肛瘘是肛管直肠瘘的简称，可通过临床症状、肛门指检、影像检查等方式确诊。

1.临床症状：肛周肿痛、破溃流脓血反复发作。

2.电子肛门镜检查：多数肛瘘具有外口，可通过电子肛门镜的检查可以直接看到，整个过程3-5分钟，医患在检查过程中可同时观察到病灶部位，并可将病灶锁定后打印成像，实时诊断。帮助患者了解病情选择治疗方案。‍

3.影像检查：影像检查包含超声、核磁共振等，均为无创式检查，超声速度快，时效性好，当瘘管位置较深，较为复杂，核磁共振手段，是肛瘘诊断的“金标准”，可清晰的看到各处瘘管的数量、大小、位置等情况便于手术安排。