HPV和TCT检查通常只有轻微不适感，多数人不会感到明显疼痛。HPV检查是用小刷子在宫颈口旋转取样，TCT检查是用刮板轻轻刮取宫颈细胞，整个过程一般持续几十秒，可能会有酸胀感或类似轻微经痛的感觉，但绝大多数人都能轻松耐受。
对于大多数女性来说，检查时的感受主要取决于自身对刺激的敏感程度和医生的操作手法。宫颈部位神经末梢不丰富，对切割、钳夹等操作不敏感，但对牵拉和扩张有一定感觉。取样时，医生会使用窥器撑开阴道壁，这个步骤可能带来轻微的异物感或胀满感。随后用特制的小刷子或刮板在宫颈表面轻轻旋转或刮取，这时可能会感到小腹有短暂的酸胀或抽动感，就像来月经时那种隐隐的坠胀，通常持续几秒钟就会消失。检查后极少数人可能会有少量血性分泌物，这是正常的，一般一两天内就会自行停止。如果本身有宫颈炎、阴道炎等炎症，或者处于月经前后、精神过度紧张，不适感可能会相对明显一些，但也很少达到疼痛的程度。
少数情况下，如果存在宫颈口粘连、宫颈管狭窄或严重的宫颈萎缩，取样时可能会遇到阻力，引起比较明显的刺痛或痉挛感。另外，如果受检者本身有严重的子宫内膜异位症、盆腔炎等疾病，或者正处于急性感染期，宫颈和盆腔组织处于充血水肿状态，对操作的敏感性会增高，不适感也会相应加重。极个别女性在检查后可能出现持续性的腹痛、大量出血或发热，这提示可能存在感染或损伤，需要及时就医。不过这些情况在规范操作下发生的概率极低。如果实在担心疼痛，可以在检查前告知医生自己的紧张情绪，医生会尽量轻柔操作，也可以选择在月经干净后3到7天、没有急性炎症时去检查，这个时期宫颈状态比较稳定，不适感会相对更轻。
