小肠镜检查主要用于其他检查（如胃镜、结肠镜、胶囊内镜）无法明确病因，且高度怀疑小肠病变时。需要做小肠镜的情况主要有不明原因消化道出血、疑似小肠肿瘤或息肉、克罗恩病累及小肠、不明原因腹泻或吸收不良、以及小肠异物或狭窄。
不明原因消化道出血是小肠镜检查最常见的适应证。当患者出现黑便、便血或大便潜血阳性，但胃镜和结肠镜检查均未发现出血病灶时，高度怀疑出血点位于小肠。小肠镜可以直接观察小肠黏膜，发现血管畸形、溃疡、憩室或肿瘤等出血源，并可在镜下进行止血治疗。疑似小肠肿瘤或息肉也是重要指征。对于影像学检查如CT或磁共振提示小肠占位性病变，或胶囊内镜发现可疑隆起性病变的患者，小肠镜能直接观察病变形态，并取活检明确病理性质，为后续手术或药物治疗提供依据。克罗恩病是一种可累及全消化道的慢性炎症性疾病，当病变局限于小肠时，常规结肠镜无法到达。小肠镜可以清晰显示小肠黏膜的炎症、溃疡、狭窄或瘘管，帮助确诊并评估疾病活动度，指导药物调整。不明原因慢性腹泻或吸收不良综合征，经胃镜和结肠镜检查无阳性发现时，需考虑小肠吸收功能障碍，如乳糜泻、小肠细菌过度生长或小肠淋巴管扩张症。小肠镜可观察黏膜绒毛形态并取活检，进行病理学诊断。此外，当怀疑小肠存在异物、结石或良性狭窄时，小肠镜也可用于诊断，部分情况下还能通过镜下的治疗附件进行异物取出或狭窄扩张，避免外科手术。
小肠镜检查前需禁食禁水并进行肠道准备，检查后需注意休息，观察有无腹痛、发热或便血等不适。术后饮食应从流质、半流质逐渐过渡到正常饮食，避免粗糙、辛辣食物刺激肠道。若检查中进行了活检或治疗，应遵医嘱适当延长禁食时间并注意观察。日常应保持规律作息，避免过度劳累，有助于肠道黏膜修复。若出现持续剧烈腹痛、大量便血或发热，需及时就医。
