鼻内窥镜检查通常不会产生明显疼痛，但可能引起轻微不适或异物感。检查过程中医生会使用表面麻醉剂减轻不适感，多数患者可顺利完成检查。
鼻内窥镜检查采用直径较细的软性内窥镜，配合鼻腔表面麻醉可有效降低敏感度。检查时主要感觉为鼻腔内器械移动的压迫感，类似棉签轻触鼻黏膜的触觉。儿童或鼻腔结构异常者可能出现较强不适，但麻醉作用下仍属于可耐受范围。检查后可能出现短暂鼻腔干燥或轻微刺痛，通常半小时内自行缓解。
极少数鼻腔极度狭窄或鼻中隔严重偏曲的患者，可能因器械通过困难而出现较明显胀痛。急性鼻窦炎发作期检查可能加重原有疼痛，这类情况医生会评估后调整检查方案。对麻醉药物过敏者需提前告知医生改用其他镇痛方式。
检查前避免用力擤鼻或使用血管收缩剂，可减少黏膜出血风险。检查后两小时内勿进食过烫食物，防止麻醉未消退时烫伤口腔。若出现持续出血或剧烈疼痛应及时返院处理，但这种情况发生概率极低。
