电子鼻咽镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能引起短暂不适。检查过程中可能出现轻微恶心、异物感或鼻腔酸胀，多数患者可以耐受。
电子鼻咽镜检查采用直径约3-5毫米的软性内窥镜，经鼻腔或口腔进入咽部。检查前会使用表面麻醉剂减轻敏感反应，如利多卡因喷雾。操作时间一般控制在1-3分钟，医生会通过显示器观察鼻咽部黏膜状态，过程中要求患者用口呼吸配合。常见不适集中在镜体通过鼻甲时的酸胀感，以及触碰咽后壁引发的反射性干呕，这些反应会随检查结束立即消失。
少数敏感体质人群可能出现较强不适，包括剧烈呕吐反射、鼻黏膜出血或短暂呼吸困难。这种情况多见于鼻中隔偏曲患者、慢性鼻炎急性发作期或咽反射极度敏感者。检查前充分告知医生既往病史，可调整进镜路径或改用更细型号内镜。儿童或精神紧张者可能需要心理疏导后再行检查。
检查后1小时内避免进食饮水以防误吸，当天忌食辛辣刺激食物。若出现持续鼻出血、剧烈疼痛或呼吸困难需立即返院处理。电子鼻咽镜是诊断鼻咽癌、腺样体肥大等疾病的金标准，短暂不适远低于其诊断价值，不必因恐惧放弃必要检查。
