大便检查通常需要取5-10克新鲜粪便样本，避免混入尿液或水。样本应放入专用容器，1小时内送检可获得较准确结果。
取大便前需清洁会阴部，使用干燥容器接取自然排出的粪便中段部分。若为稀便，可用配套勺具取约5毫升液体部分。婴幼儿可使用无菌采集袋贴于肛门处收集。样本不可从尿布、马桶或纸巾上刮取，以免受消毒剂或纤维污染。检查前3天应避免食用动物血制品、铁剂或铋剂，以防隐血试验假阳性。若需连续采样，每次应间隔24小时以上。
送检时需标注姓名、采样时间及检查项目。常规检查包括性状、颜色、潜血、寄生虫等项目，特殊检测如轮状病毒抗原需单独注明。样本若需保存超过2小时，应置于4摄氏度冷藏但不超过24小时。细菌培养需使用无菌容器并在30分钟内送检。长期服用抗生素者应提前告知医生，可能影响菌群检测结果。
