纤维胃十二指肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数患者可以耐受。检查前会使用局部麻醉药物减轻咽喉部敏感度，部分敏感人群可能出现恶心、胀气等反应，医生会根据个体情况调整操作手法。
检查时患者取左侧卧位，医生将内镜经口腔缓慢插入食管。内镜通过咽喉部时可能引发短暂咽反射，表现为干呕或咳嗽，此时保持深呼吸有助于缓解。胃内注气扩张可能造成上腹胀满感，这种不适在检查结束后会随排气逐渐消失。十二指肠球部及降段检查时因角度调整可能牵拉腹膜，少数人会出现隐痛，通常持续时间不超过数分钟。现代内镜管径较细且材质柔软，大幅降低了黏膜损伤风险。
对咽喉反射极度敏感者，检查前可申请静脉镇静药物。严重食管狭窄或贲门失弛缓症患者进镜时阻力较大，需由经验丰富的医生操作。既往有心肺疾病者可能出现血氧波动，检查中会全程监测生命体征。儿童或精神障碍患者建议在麻醉状态下完成检查。
检查后2小时内应禁食禁水，待咽喉麻醉完全消退后再进食温凉流质。24小时内避免剧烈运动，若出现持续胸痛、呕血或黑便需立即就医。定期接受胃镜检查有助于早期发现消化道病变，建议40岁以上人群每3-5年筛查一次。
