鼻内窥镜检查通常不会很痛苦，多数人仅会感到轻微不适。检查过程中可能出现短暂酸胀感或异物感，但医生会使用表面麻醉剂减轻不适。少数对疼痛敏感或鼻腔结构异常者可能出现较强痛感。
鼻内窥镜检查前会使用利多卡因等表面麻醉剂对鼻腔进行局部麻醉，能有效降低检查时的不适感。检查使用的内窥镜直径仅3-4毫米，材质柔软可弯曲，配合医生规范操作，多数人仅感觉类似棉签轻触鼻腔的压迫感。检查过程中需要保持平静呼吸，避免突然移动头部，通常5-10分钟即可完成。儿童或焦虑者可在检查前与医生沟通，必要时使用镇静药物辅助。
极少数情况下可能出现较明显疼痛，多见于鼻腔严重狭窄、鼻中隔偏曲明显或存在急性炎症者。这类人群在器械通过狭窄部位时可能产生牵拉痛，但医生会根据实际情况调整操作手法。既往有鼻部手术史者需提前告知医生，可能存在瘢痕组织导致检查难度增加。检查后1-2小时内麻醉效果消退时，部分人会有轻微灼热感，通常无须特殊处理。
检查后建议2小时内避免进食饮水以防误吸，24小时内不要用力擤鼻。若出现持续出血、剧烈疼痛或发热等症状应及时就医。日常保持鼻腔湿润有助于减轻检查不适，可使用生理盐水喷雾护理。定期进行鼻内窥镜检查能早期发现鼻腔及鼻咽部病变，建议遵医嘱按时复查。
