全身CT并不能检查出所有疾病，主要用于筛查和诊断部分结构性病变。全身CT的检查效果主要与病变类型、部位、发展阶段有关，需结合其他辅助检查综合判断。
CT成像依赖于组织密度差异，对实质性器官如肺、肝、骨骼等显像效果较好。肺部结节、骨折、肿瘤占位等结构异常可较清晰显示。冠脉CT能评估血管狭窄程度，腹部CT可识别肝囊肿、肾结石等病变。但对于早期微小病灶或功能性病变，如甲状腺功能异常、神经内分泌肿瘤等，CT的敏感度有限。某些代谢性疾病如糖尿病或炎症性肠病，也需依赖实验室检查确诊。
胃肠黏膜病变在普通CT下易漏诊，需结合胃肠镜。部分神经系统疾病如帕金森病、抑郁症，CT仅能排除器质性病变。血液系统疾病如白血病、免疫性疾病如类风湿关节炎，更多需骨髓穿刺或抗体检测。此外，CT对软组织分辨率不如磁共振，肌肉韧带损伤、早期脑梗死等需MRI补充检查。
进行全身CT前应评估辐射暴露风险，孕妇及儿童需谨慎选择。检查后建议多喝水促进造影剂代谢，密切观察过敏反应。对于可疑病变部位，需在医生指导下针对性选择超声、内镜或PET-CT等进一步检查。定期体检建议采用超声等无辐射手段筛查，避免过度依赖CT检查。
