PET-CT检查的辐射影响有限，但需权衡临床必要性。PET-CT的辐射剂量主要来源于放射性示踪剂和CT扫描，单次检查的有效辐射剂量通常为15-30毫西弗，相当于自然环境下3-5年的本底辐射量。
放射性示踪剂中的氟代脱氧葡萄糖会在6-12小时内通过尿液排出体外，期间应多饮水加速代谢。CT部分的辐射量与常规CT检查相当，采用低剂量技术可进一步降低辐射。儿童、孕妇及短期内多次复查者需谨慎评估风险，但诊断恶性肿瘤等重大疾病时的获益远高于辐射风险。检查后24小时内建议避免密切接触孕妇和婴幼儿，减少他人潜在的二次辐射暴露。
医疗机构会严格遵循辐射防护最优化原则，根据患者体重调节示踪剂用量，并使用铅围裙保护非扫描区域。对于甲状腺疾病患者，可提前服用碘剂阻断甲状腺对放射性碘的摄取。若存在肾功能不全，需延长观察时间确保示踪剂完全清除。对造影剂过敏者应提前告知医生更换检查方案。
接受PET-CT检查后无须特殊防护，保持正常饮食作息即可，但建议记录检查日期便于后续医疗参考。对于需要重复检查的情况，医生会综合评估累积辐射剂量与病情需求。相较于疾病漏诊的风险，合理使用的PET-CT在肿瘤分期、癫痫灶定位等场景中具有不可替代的诊断价值。
