幽门螺杆菌根治后存在再次感染的可能性，但概率较低。幽门螺杆菌感染多与共餐习惯、卫生条件等因素相关，彻底根除后需持续预防。
幽门螺杆菌根治后再次感染的概率通常不足百分之十。多数再感染发生在根治完成后的前两年内，可能与未切断传播途径有关。例如家庭成员未同步治疗、频繁外出就餐未使用公筷、接触污染水源等。再感染者往往无明显症状，需通过碳13或碳14呼气试验复查确认。规范的四联疗法根除成功率较高，但部分菌株可能对克拉霉素等抗生素产生耐药性，导致初次治疗失败而非真正再感染。
少数情况下，幽门螺杆菌再感染与免疫功能低下相关。长期使用免疫抑制剂的患者、艾滋病感染者等群体更易发生重复感染。某些地区因公共卫生条件有限，饮用水或食物污染可能导致社区性再感染。胃部手术史患者因胃内环境改变，也可能增加再感染风险。这类人群建议在根治完成半年后增加检测频次，发现阳性需调整用药方案。
根治后应实行分餐制并定期消毒餐具，避免咀嚼喂食婴幼儿。家庭成员需同步筛查，外出就餐选择卫生达标餐厅。出现胃痛、腹胀等症状时及时复查，不建议自行服用抗生素。保持规律作息与均衡饮食有助于维持胃黏膜屏障功能，降低再感染概率。
