体检时采集大便样本需使用专用容器，取中指头大小的新鲜粪便中段或异常部分，避免混入尿液或水。
采集大便样本前应排空膀胱，防止尿液污染。使用医院提供的无菌便盒或一次性采样器，取约5克粪便，相当于一节拇指体积。选择粪便中段或含有黏液、血液等异常成分的部分，用采样棒多点采集。若为稀便，需取液体部分3-5毫升。采样后立即盖紧容器，2小时内送检。长期服用抗生素或铁剂者需提前告知医生，女性月经期应避开经血污染。
日常饮食需保持清淡，检测前3天避免食用动物血制品、深色蔬菜及辛辣食物。采样后保持肛门清洁，腹泻患者可用干净保鲜膜垫在便盆上取样。若需连续检测，应分次采集不同时间段的样本。送检时填写完整个人信息，高温天气需用冰袋保存样本。
