体检大便取样通常需要清洁干燥的容器和专用采样工具，避免尿液或水污染样本。
体检大便取样前应准备好医院提供的专用采样盒，若无专用容器可用清洁干燥的塑料盒替代。取样时选择粪便中段或异常部分，避免接触马桶或地面，采样量约黄豆大小即可。使用采样棒刮取样本后立即密封容器，标注姓名和采样时间。女性月经期需避开经血污染，取样后2小时内送检以保证检测准确性。若需检测寄生虫，应连续3天取样以提高检出率。
取样后注意手部清洁消毒，送检途中避免高温或剧烈摇晃。特殊检测如隐血试验需提前3天禁食红肉、动物血及维生素C。婴幼儿可用无菌尿袋收集样本，腹泻患者应选取黏液或脓血部分。若无法及时送检，可将样本暂存4摄氏度冰箱，但不得超过24小时。
