菠萝蜜不建议直接食用，需清洗或处理后再吃。菠萝蜜表面可能残留农药、灰尘或细菌，直接食用存在健康风险。
菠萝蜜果皮粗糙多刺，表面易附着污染物。种植过程中可能使用农药防治病虫害，采收后运输储存环节也可能接触灰尘和微生物。直接啃咬果皮或用手撕开食用时，污染物可能通过口腔或手部接触进入人体。部分人群可能对残留物敏感，出现胃肠不适或过敏反应。
极少数情况下，若确认菠萝蜜为有机种植且采摘后经过严格无菌包装处理，表皮完整无破损时，可考虑剥开外层后直接食用果肉。但实际操作中难以确保运输储存全程无污染，仍建议清洗或擦拭表皮。处理时建议戴手套避免黏液刺激皮肤，用流水冲洗后擦干或用厨房纸包裹果柄旋转拧开。
食用菠萝蜜前可用软毛刷轻刷表面凹陷处，切开后去除白色丝状物和黏液。果肉取出后建议再次用凉开水冲洗，避免过量食用以防消化不良。储存时需密封冷藏，隔夜食用前需观察是否变质。特殊体质人群首次尝试应少量进食，儿童需在成人监护下食用去核小块果肉。
