黄豆芽可以冷冻保存，但解冻后口感会变软且失去部分脆嫩质地。新鲜黄豆芽适合冷藏短期储存，冷冻更适合需长期保存的情况。
冷冻保存黄豆芽时需先焯水处理。将黄豆芽洗净后放入沸水中焯烫10秒左右，捞出立即过冷水降温，沥干水分后分装进密封袋或保鲜盒。焯水能破坏细胞活性，减少冷冻过程中的水分流失和冰晶形成，最大限度保持形态。分装时尽量排出空气避免氧化，标注日期后放入冰箱冷冻室，建议1个月内食用完毕。
直接冷冻未经处理的黄豆芽会导致严重脱水。新鲜黄豆芽含水量高达90%，冷冻时细胞内的水分结冰膨胀会刺破细胞壁，解冻后水分流失会造成干瘪软烂。若发现冷冻后的黄豆芽出现明显褐变或冰晶结块，说明已发生变质不宜食用。对于需要保持爽脆口感的凉拌菜，不建议使用冷冻黄豆芽。
日常保存黄豆芽可将其浸泡在清水中冷藏，每天换水能维持2-3天新鲜度。烹饪前冷冻黄豆芽无需解冻，直接用于热炒或煮汤能减少营养流失，其中蛋白质、B族维生素等耐热成分保留率较高。脾胃虚寒者应控制冷冻豆芽摄入量，避免加重胃肠不适。若保存过程中出现黏液或异味需立即丢弃，确保饮食安全。
