木瓜可以放冰箱保存，但需根据成熟度和储存时间调整方法。未完全成熟的青木瓜适合常温催熟，成熟木瓜冷藏可延缓变质，切开的木瓜必须冷藏。
木瓜在常温下会持续释放乙烯加速成熟，若购买时果皮青绿、触感坚硬，建议置于阴凉通风处2-3天待其自然变黄变软。此时冷藏会导致果肉难以软化，口感生涩。成熟木瓜表皮出现黄色条纹、按压略有弹性时，装入保鲜袋隔绝异味后冷藏可保存3天左右，低温能抑制氧化酶活性，减缓维生素C和胡萝卜素流失。
切开后的木瓜果肉暴露在空气中易滋生细菌，需去除籽粒后用保鲜膜紧密包裹冷藏，24小时内食用完毕。冷冻保存会导致细胞破裂解冻后口感绵软，仅适合后续打浆或炖煮使用。若发现冷藏后表皮出现黑斑或果肉渗水，表明已发生冻伤或腐败，不宜继续食用。
储存木瓜时需避免与苹果、香蕉等乙烯释放量大的水果同放，成熟度不同的木瓜建议分层存放。短期储存可选择阴凉避光处，长期保存建议制成木瓜干或果酱。食用前取出冷藏木瓜静置10分钟，低温状态直接食用可能刺激胃肠。特殊人群如糖尿病患者需控制单次摄入量，避免血糖波动。
