皮皮虾可食用的部位主要是腹部肌肉和尾部，虾黄也可适量食用但需注意清洁度。皮皮虾的头部、外壳及消化腺不建议食用，可能存在重金属积累或细菌污染风险。
皮皮虾腹部肌肉是主要食用部分，肉质紧实且富含优质蛋白、维生素B12及矿物质。烹饪前需去除背部黑色肠线，避免摄入残留杂质。清蒸或白灼能最大限度保留营养，高温烹煮可杀灭寄生虫。虾尾肉质较嫩，适合快速翻炒或制作虾滑，但需确保完全熟透。
虾黄位于头部与躯干连接处，呈橙黄色，含较高胆固醇和部分微量元素。野生皮皮虾的虾黄可能富集海水污染物，建议少量食用且选择养殖来源。头部内脏器官易残留泥沙和微生物，外壳坚硬难消化，均需剔除。过敏体质者应避免食用虾黄，防止诱发过敏反应。
处理皮皮虾时建议佩戴手套防止刺伤，用剪刀沿背部剪开外壳更易清理。搭配姜醋汁食用有助于中和寒性，胃肠功能较弱者不宜过量。购买时选择外壳光亮、触须完整的鲜活个体，死亡超过4小时的皮皮虾可能产生组胺毒素。若食用后出现皮肤瘙痒或腹痛，应立即停止进食并就医。
