毛豆一定要煮熟，未煮熟的毛豆可能含有皂苷等天然毒素，充分加热可有效破坏有害物质。毛豆的食用安全性主要与加热时间、消化吸收、营养保留、口感改善、微生物灭活等因素相关。
毛豆中含有天然皂苷和植物凝集素等成分，这些物质在生豆中含量较高，可能引起胃肠不适甚至中毒反应。通过煮沸可使皂苷分解，通常水沸后继续煮制10分钟以上能确保安全性。充分加热还能软化豆荚纤维，促进蛋白质变性，提高人体对蛋白质和矿物质的吸收利用率。实验表明煮熟后的毛豆蛋白质消化率可提升，钙、铁等矿物质的生物利用率也显著改善。
部分人群可能因特殊需求选择半熟毛豆，如追求脆嫩口感或保留更多维生素C。但这类食用方式需要确保豆源新鲜无污染，且食用量不宜过大。未彻底加热的毛豆可能残留胰蛋白酶抑制剂，影响蛋白质消化吸收，对消化功能较弱的人群风险更大。日本曾有因食用未煮熟毛豆引发集体食物中毒的案例报告，多表现为腹痛、呕吐等症状。
建议将毛豆完全煮熟后食用，可搭配少量食盐提升风味。煮制时可保留豆荚以锁住营养，水量需完全浸没毛豆。老人儿童及胃肠敏感者更应注意充分加热，避免凉拌生食。日常储存新鲜毛豆应置于冰箱冷藏，烹饪前仔细清洗去除表面杂质。若发现豆粒发黑或异味应停止食用，发芽毛豆不宜继续烹调。
