腐烂变质、未成熟青果、霉斑或异常斑点的西红柿不能吃。食用问题西红柿可能引发胃肠不适甚至中毒，需注意观察外观、气味和触感。
表皮破损或渗液的西红柿易滋生细菌污染，切开后内部发黑或纤维化的果实已变质。果蒂发霉或果肉软烂的西红柿可能产生展青霉素等毒素，高温烹煮也无法完全破坏。部分未完全成熟的青果含有龙葵碱，大量食用会导致恶心呕吐，建议存放至完全转色。
特殊情况下催熟剂超标的西红柿可能残留有害物质，表现为果肉硬实但果皮颜色不均匀。表面有白色药斑或刺鼻化学气味的西红柿可能存在农药残留，需充分清洗。部分品种出现空心或籽粒发绿属于种植问题，虽可食用但营养价值较低。
日常挑选西红柿应选择色泽均匀、果蒂鲜绿、触感紧实的果实，存放时避免挤压。食用前用流水冲洗并浸泡，去除表面残留物。若误食问题西红柿后出现腹痛腹泻，可饮用淡盐水补充电解质，症状持续需就医。特殊人群如孕妇儿童应选择有机种植的成熟果实，降低食品安全风险。
