黄柠檬和绿柠檬各有优势，具体选择需根据用途和个人需求决定。黄柠檬更适合直接食用或制作甜品，绿柠檬更适合调味或调饮。
黄柠檬果肉饱满汁水丰富，酸甜比例适中，含有较多糖分和维生素C，适合鲜食或搭配蜂蜜制作饮品。成熟后的黄柠檬表皮较薄香气柔和，果胶含量较高，常被用于烘焙或制作果酱。绿柠檬酸度更突出且带有独特清香，表皮油脂腺密集，适合切片搭配海鲜去腥或调制鸡尾酒。未完全成熟的绿柠檬含有更多柠檬酸和芳香物质，是东南亚菜肴中常用的调味食材。
从储存角度分析，黄柠檬因成熟度高需尽快食用，常温下易变质。绿柠檬质地坚硬耐储存，冷藏可保鲜较长时间。两者营养成分差异不大，但黄柠檬的类胡萝卜素含量略高，绿柠檬的有机酸和挥发油成分更丰富。特殊人群需注意，胃酸过多者应控制绿柠檬摄入量，糖尿病患者食用黄柠檬需适量。
日常使用可根据烹饪需求灵活选择，建议将两种柠檬搭配使用以获取更丰富的风味层次。储存时避免阳光直射，切开后尽快食用以保证新鲜度。体质敏感者饮用柠檬水可适当稀释，避免空腹摄入过多酸性物质刺激胃肠黏膜。