切开的香水柠檬在常温下通常能保存1-2小时，冷藏可存放2-3天。保存时间受存放环境、切面处理方式、温度变化等因素影响。
切开的香水柠檬若置于室温环境中，果肉容易氧化变色并滋生细菌。夏季高温时变质速度更快，建议尽快食用或冷藏。短期保存可将切面朝下放置于干燥容器中，减少与空气接触。冷藏时需用保鲜膜紧密包裹切面，避免吸收冰箱异味或水分流失。若发现果肉发软、出现霉斑或散发异味，应立即丢弃。
特殊情况下，冷冻保存可延长至1个月左右，但解冻后质地会变软，适合用于调饮或烹饪。冷冻前需将柠檬切片并分装密封，避免反复冻融。需注意冷冻会导致部分维生素C流失，且解冻后不宜直接鲜食。若切开后表面喷洒少量柠檬汁或盐水，可减缓氧化速度。
建议根据实际需求分切香水柠檬，未食用部分保持果皮完整更能延长保鲜期。日常可将完整柠檬置于阴凉通风处保存，避免阳光直射或潮湿环境。用于饮品制作时，优先使用新鲜切开的柠檬以获得最佳风味和营养。长期保存可考虑制作柠檬干或柠檬蜜，但需注意糖分添加量。