绿豆芽可以冷冻保存，但解冻后口感会变软且易出水。新鲜绿豆芽适合冷藏短期存放，冷冻更适合需要长期保存的情况。
绿豆芽含水量高且细胞结构脆弱，冷冻时冰晶会破坏细胞壁，导致解冻后质地变软、失去脆嫩口感。若计划用于热炒或煮汤，冷冻对风味影响较小，但凉拌菜不建议使用冷冻豆芽。冷冻前可先焯水10秒左右，沥干水分后分装密封，能减少冰晶对细胞的损伤，保存时间可达1个月左右。
新鲜绿豆芽在2-6℃冷藏环境中最多存放3天，需保持干燥并避免密封过严。若发现豆芽根部发红或出现黏液应立即丢弃。冷冻保存的豆芽烹饪时无须解冻，直接下锅能更好保持形态，适合制作豆芽炒粉、酸辣汤等对爽脆度要求不高的菜肴。
日常建议根据食用计划选择保存方式，现买现食能最大限度保留营养和口感。冷藏保存时可用透气保鲜袋包裹，放置于冰箱抽屉层避免挤压。冷冻豆芽营养成分损失较少，但维生素C和部分水溶性维生素会随汁液流失，烹饪时可搭配彩椒、西红柿等富含维生素C的食材弥补营养缺口。特殊人群如胃肠功能较弱者，建议选择新鲜豆芽以减少消化负担。