制作芥末的植物通常称为芥菜，其种子是芥末酱的主要原料。芥菜属于十字花科植物，主要有黄芥菜、褐芥菜和黑芥菜三个常见品种，不同品种的种子研磨后与液体混合可制成风味各异的芥末酱。
一、黄芥菜：黄芥菜种子颜色浅黄，辣味温和且略带甜味，常用于制作美式黄芥末酱。其种子含硫代葡萄糖苷较少，刺激性较低，适合制作家庭常用调味品。黄芥菜在我国华北地区种植广泛，种子颗粒较小但出油率高。
二、褐芥菜：褐芥菜种子呈深褐色，辣味强烈且带有坚果香气，是制作第戎芥末的主要原料。其硫代葡萄糖苷含量较高，研磨时产生的异硫氰酸酯具有挥发性刺激性。欧洲地区多栽培此品种，种子外皮较厚需要精细研磨。
三、黑芥菜：黑芥菜种子近黑色，辣度最高且带有苦味，多用于制作亚洲风味芥末。种子含有的烯丙基异硫氰酸盐具有强烈穿透性，常与黄芥菜混合使用。印度和孟加拉国是主要产区，中医认为其有温中散寒功效。
芥菜种子需经过浸泡、研磨、发酵等工序才能制成芥末酱，过程中辣味物质逐渐释放。新鲜研磨的芥末酱辣味最浓，市售产品多添加醋或酒延缓辣味衰减。芥菜幼苗也可作为蔬菜食用，富含维生素K和抗氧化物质，但种子制品需注意控制摄入量以免刺激胃肠黏膜。