饼干长期保存的关键在于防潮、避光和密封，可采用密封罐、干燥剂、真空包装、冷藏和分装等方法延长保质期。
饼干含有较高糖分和油脂，容易受潮氧化导致口感变差或霉变。使用玻璃或塑料密封罐能有效隔绝空气湿度，建议选择带硅胶圈的容器增强气密性。在容器内放置食品级干燥剂可吸收残留水分，需注意干燥剂不可直接接触饼干。真空包装能最大限度排除氧气接触，适合保存高油脂类饼干，但开封后需尽快食用。未开封的饼干可冷藏保存，但需用保鲜膜包裹防止串味，取出后需恢复室温再开封避免冷凝水。将大包装饼干分装成小份后密封，能减少反复开合带来的湿气侵入。
特殊类型饼干需区别对待。含果干的饼干因水分较高，建议冷藏并两周内食用完毕。巧克力涂层饼干需避光保存，温度超过25度时可能融化变形。自制饼干因不含防腐剂，保存期通常不超过一周，可冷冻保存但口感会略微变硬。使用铝箔袋包装比普通塑料袋更能阻隔光线和氧气，适合长期储存。铁盒保存时需内衬食品级蜡纸，避免金属与饼干直接接触。
日常保存饼干时需定期检查包装是否漏气，发现受潮可放入烤箱低温烘干。避免将饼干存放在灶台、阳台等温湿度波动大的区域，开封后尽量在一周内食用完毕。搭配脱氧剂使用可延长保质期1-2个月，但需注意脱氧剂不可食用。不同口味饼干建议分开存放，防止串味影响风味。长期储存的饼干食用前应检查是否有哈喇味或霉斑，确保食品安全。