黑蒜一次建议食用1-2瓣，每日不超过3瓣为宜。黑蒜含有大蒜素、多酚类物质及多种微量元素，过量食用可能刺激胃肠黏膜。
黑蒜作为发酵食品，其刺激性较生蒜显著降低，但依然存在一定活性成分。1-2瓣黑蒜约10-15克，可满足日常抗氧化需求，过量摄入可能引发胃部不适。胃肠功能较弱者应减半食用，空腹时更需控制量。黑蒜含糖量较高，糖尿病患者需计入每日碳水总量。长期过量食用可能干扰甲状腺功能，因其含硫化合物可能影响碘吸收。
特殊人群需调整食用量。术后恢复期患者应咨询医师，避免影响凝血功能。服用抗凝药物者需警惕黑蒜与药物的协同作用。孕妇及哺乳期妇女建议每日不超过1瓣，儿童按体重折算为成人量的三分之一。黑蒜发酵过程中产生的黑色素虽无害，但可能短暂影响粪便颜色，无须特殊处理。
食用黑蒜可搭配温开水帮助消化，避免与浓茶、咖啡同食影响营养吸收。建议分次嚼服以促进唾液分泌，胃肠敏感者可选择黑蒜制品如胶囊提取物。日常储存需密封避光，发酵成熟的黑蒜质地柔软呈黑褐色为佳。若出现腹胀或反酸应暂停食用，长期食用者建议定期检测血糖及甲状腺功能，保持饮食多样性避免单一营养素过量。