青柠檬和黄柠檬各有优势，选择取决于具体用途和个人口味偏好。青柠檬酸度更高且香气清新，适合调饮和东南亚料理；黄柠檬汁水丰富且略带甜味，更适合直接泡水或西式烹饪。
青柠檬的酸度比黄柠檬更强烈，果皮薄且含有更多挥发性芳香物质，特别适合制作泰式冬阴功汤、越南河粉等需要突出酸香风味的菜肴。其果汁颜色较浅不会影响饮品色泽，常被用于调制莫吉托等鸡尾酒。青柠檬的维生素C含量略高于黄柠檬，但两者差异不大。需注意青柠檬果肉较少，榨汁效率较低，且未成熟时可能带有轻微涩味。
黄柠檬的果肉饱满多汁，出汁率比青柠檬高出许多，日常泡水时更经济实用。其酸味相对柔和并带有隐约甜味，单独饮用时适口性更好。黄柠檬皮厚且富含类黄酮，适合制作柠檬蜜饯皮或烘焙时添加。在营养方面，黄柠檬的钾元素和叶酸含量稍占优势。但黄柠檬久放后容易失水变干，建议冷藏保存并尽快食用。
选择柠檬时建议根据烹饪需求决定，青柠檬适合追求风味层次的料理，黄柠檬更符合日常补水需求。两者均富含维生素C和抗氧化物质，饮用时建议用温水冲泡避免破坏营养成分，每日摄入量控制在1-2个柠檬为宜。胃酸过多者应稀释饮用，使用前用盐搓洗表皮可有效去除农残，切开后建议尽快食用以保证新鲜度。