长南瓜的瓜肉和瓜籽均可食用，但不同部位的口感和营养价值存在差异。
长南瓜靠近瓜蒂的上半部分瓜肉质地紧实，适合炖煮或蒸制，能保持较好的形状。这部分瓜肉含量高，膳食纤维丰富，有助于促进胃肠蠕动。烹饪时可搭配排骨、玉米等食材，充分吸收南瓜的甜味。瓜肉部分含有较多胡萝卜素和维生素A，对视力保护有益。
靠近瓜尾的下半部分水分含量较高，口感更为软糯，适合制作南瓜泥或南瓜汤。这部分糖分相对集中，煮熟后甜味更明显。制作南瓜饼或南瓜粥时可优先选用，能提升成品的香甜度。瓜尾部分钾元素丰富，适量食用有助于维持电解质平衡。
南瓜籽含有优质蛋白和锌元素，洗净晒干后可烘烤食用。但需注意瓜瓤部分纤维较粗，消化功能较弱者应减少食用。建议根据烹饪方式选择南瓜部位，炖菜选用上半部，做馅料选用下半部，完整利用南瓜的营养价值。保存时建议将切开的南瓜用保鲜膜包裹冷藏，避免水分流失影响口感。