蘑菇适合冷藏保存，短期存放可选择常温。蘑菇的保存方式主要取决于存放时间、环境湿度和品种特性。
新鲜蘑菇在冷藏条件下可延长保鲜期，低温能抑制微生物繁殖并减缓水分流失。家用冰箱的蔬果区湿度较高，适合存放金针菇、香菇等常见品种。冷藏前建议用厨房纸包裹蘑菇吸收多余水分，避免密封袋内凝结水珠导致腐烂。杏鲍菇等肉质较厚的品种冷藏可保存5天左右，而平菇等菌盖较薄的品种建议3天内食用完毕。
部分耐储存的蘑菇品种在干燥通风环境中可短暂常温存放，如未开伞的草菇在20度以下环境能维持1-2天新鲜度。但夏季高温高湿环境会加速变质，常温存放的蘑菇需避开阳光直射并尽快烹饪。野生蘑菇因含有更多活性物质，常温存放易产生毒素，必须冷藏处理。
日常保存蘑菇时应注意检查是否有黏液或异味，变质蘑菇会产生有害物质。烹饪前用流动水快速冲洗即可，长时间浸泡会破坏风味物质。建议根据食用计划分批购买，搭配其他蔬菜制作菌菇汤或清炒能最大限度保留营养。