整个菠萝蜜在常温下一般能存放3-5天，冷藏可保存7-10天。保存时间受成熟度、储存环境、表皮完整度等因素影响。
1、成熟度影响
未完全成熟的菠萝蜜果肉较硬，常温放置可促进后熟，但需避免阳光直射。成熟度高的菠萝蜜果肉软糯，糖分含量高，易受微生物侵袭，建议尽快食用或冷藏。
2、储存环境
25℃以上高温环境会加速腐败，建议置于阴凉通风处。冷藏时需用保鲜膜包裹切口或装入密封盒，防止串味和水分流失。冷冻保存会导致果肉质地改变，适合用于制作甜品。
3、表皮完整度
未切开的完整菠萝蜜外皮厚实，能阻隔细菌侵入。已切开的果实暴露果肉面积越大，氧化和变质速度越快，切口处可涂抹柠檬汁延缓褐变。
4、乙烯释放
菠萝蜜属于高乙烯释放型水果，单独存放可减缓成熟进程。与其他水果混放时，需用报纸隔离避免催熟效应，尤其避免与苹果、香蕉同储。
5、腐败征兆
果肉发黏、渗出不明液体或散发酒味时已变质。表皮出现大面积黑斑或霉点需整颗丢弃。轻微褐变的果肉经高温烹煮后仍可食用，但营养流失较多。
建议购买后根据食用计划选择保存方式。短期存放可置于阴凉处，长期保存需冷藏并定期检查状态。切开后尽量2日内食用完毕，食用前确认无异常气味。菠萝蜜含高糖分，糖尿病患者应控制摄入量。果核可煮熟食用，富含淀粉和矿物质。处理果实时建议戴手套，防止黏液引起皮肤过敏。