苹果变色后一般可以吃，变色主要是氧化反应导致，不会产生有害物质。若苹果仅表面轻微变色且无腐烂异味，削去变色部分即可食用；若果肉大面积褐变或伴有异味发酵，则不建议继续食用。
苹果切开后变色属于正常现象，果肉中的多酚类物质接触空气被氧化成醌类化合物，形成褐色物质。这种现象不会影响苹果的核心营养价值，维生素C等水溶性维生素可能部分流失，但膳食纤维和矿物质仍保留。短期放置的变色苹果口感可能略微发绵，但对健康人群无危害。日常可将切开的苹果浸泡淡盐水或柠檬水减缓氧化，冷藏保存不超过4小时。
苹果若在潮湿环境中长期存放导致霉变腐烂，霉斑周围看似正常的果肉也可能被霉菌毒素污染。霉变苹果会产生展青霉素等有害物质，高温烹煮也无法完全破坏。误食可能出现腹痛腹泻等胃肠不适症状，免疫力低下人群需特别注意。储存时应避开高温潮湿环境，完整无伤的苹果常温可存放约一周，切开后建议尽快食用。
日常食用苹果建议优先选择新鲜完整的果实，切开后尽快食用。若发现果肉软烂流汁或散发酒味等异常情况，应立即丢弃。储存时可用保鲜膜包裹切口减少氧化，搭配坚果酸奶等富含维生素E的食物一同食用，有助于减缓氧化反应保留营养。