马蹄可以连皮一起煮，但建议去皮后食用更安全。马蹄皮可能残留泥土或微生物，去皮能减少消化负担，同时提升口感。
马蹄皮虽然含有少量膳食纤维和抗氧化物质，但表面容易附着农田中的寄生虫卵、细菌或农药残留。直接带皮煮制时，高温虽能杀灭部分微生物，但无法完全去除皮中的杂质。对于胃肠功能较弱的人群，带皮食用可能引发腹胀或轻微腹泻。马蹄皮质地坚硬，煮熟后仍会影响整体软糯口感，儿童和老人咀嚼时可能存在噎呛风险。
若坚持带皮烹饪，需先用硬毛刷彻底清洗表皮沟壑处的污垢，再用淡盐水浸泡半小时以上。煮制过程中需延长沸水烹煮时间至20分钟以上，确保内部完全熟透。传统食疗中带皮煮水可用于缓解咽喉肿痛，但滤去残渣仅饮用汤汁。部分人群如过敏体质者、肠易激综合征患者应完全避免接触表皮。
日常食用马蹄推荐彻底去皮后清蒸、炖汤或制作甜品，既能保留马蹄的清甜风味，又可避免潜在健康风险。处理时注意刀具清洁，防止交叉污染。储存新鲜马蹄需保持干燥通风，发芽或表皮发黑的马蹄应当丢弃。特殊人群如孕妇、糖尿病患者食用前可咨询营养师，根据个体情况调整摄入量。