苹果内部变成褐色一般是可以吃的，这种变色主要是氧化反应导致，不会产生有害物质。若伴随异味、发黏等异常情况则不建议食用。
苹果果肉褐变属于常见的酶促褐变现象，当苹果被切开或磕碰后，细胞破裂导致多酚氧化酶与酚类物质接触，在氧气作用下生成褐色醌类聚合物。这类物质对人体无害，仅影响美观和部分口感。轻微褐变的苹果仍保留大部分维生素C、膳食纤维和果胶等营养成分，适合制作果泥、烘焙或榨汁。选择柠檬汁浸泡或真空密封可延缓褐变速度。
出现明显质地变化的褐变苹果需谨慎处理。若果肉伴随发酵酒味、霉斑或拉丝状黏液，可能已受霉菌或酵母菌污染，产生的展青霉素等毒素耐高温且可能损伤肝脏。局部腐烂的苹果即使削去变质部分，菌丝也可能已扩散至整个果实。糖尿病患者、免疫力低下人群及婴幼儿应避免食用储存超一周的褐变苹果。
日常储存苹果时可保留果蒂减少氧化，用保鲜膜包裹切口隔绝空气。已经褐变的苹果建议尽快食用，可搭配酸奶或坚果平衡营养。选购时注意避免表皮有暗伤或压痕的果实，冷藏保存能有效延缓褐变进程。若误食变质苹果后出现腹痛腹泻，需及时就医排查食源性疾病风险。