辣椒在常温下存放超过一周或出现霉变、软烂时不能食用。辣椒变质主要表现有颜色发暗、表面黏滑、异味等，储存方式不当会加速腐败。
辣椒属于易腐食材，其保质期受储存环境湿度、温度影响较大。完整未破损的新鲜辣椒在阴凉通风处可存放5至7天，若放入冰箱冷藏可延长至两周左右。
切开的辣椒因失去外皮保护，即使在冷藏条件下也应在3天内食用完毕。冷冻保存的保质期可达数月，但解冻后口感会变差，更适合用于烹饪调味而非直接做菜。
若发现辣椒表面出现白色菌斑、黑色霉点或明显皱缩脱水，说明已滋生霉菌或失去食用价值。误食变质辣椒可能引发胃肠不适，出现腹痛、腹泻等症状。储存时建议用透气纸袋包裹，避免塑料袋密封导致水汽积聚。干燥的辣椒粉或干辣椒在密封避光条件下可存放半年以上，但需定期检查是否受潮结块。