同时患有尖锐湿疣和生殖器疱疹时，可以考虑抗病毒药物治疗、免疫调节治疗、激光治疗、冷冻治疗、光动力疗法等方法进行治疗。如果症状持续或加剧，建议患者及时就医。

1.抗病毒药物治疗

抗病毒药物通过口服或外用方式给药，如伐昔洛韦、泛昔洛韦等，旨在抑制体内病毒复制。这些药物能够针对特定类型的病毒蛋白进行作用，从而减少病毒繁殖，缓解症状。

2.免疫调节治疗

免疫调节治疗通常包括使用干扰素或其他生物制剂来增强机体免疫力，辅助清除感染。提高机体对两种疾病的防御能力，有助于控制病情进展并促进愈合。

3.激光治疗

激光治疗是利用高能量激光束精确地去除异常组织的过程，在门诊条件下完成。此方法适合去除可见的尖锐湿疣体，可有效减少复发率;对于疱疹病毒感染引起的溃疡性病变也有一定效果。

4.冷冻治疗

冷冻治疗即液氮冷冻，是一种简便易行且快速有效的物理治疗方法。低温能使表皮细胞迅速死亡脱落，从而达到去除疣体目的;此外还可促使局部组织产生自然免疫反应，帮助抵御病毒感染。

5.光动力疗法

光动力疗法涉及给予患者特定药物使其摄取至病变区域后，在特定光源下引发化学反应产生大量单态氧，进而破坏目标组织。该技术适用于治疗微小且难于定位之皮肤表面病变如扁平疣及尖锐湿疣;其机制在于选择性杀伤异常增生细胞而不损伤周围正常组织。

在同时患有尖锐湿疣和生殖器疱疹的情况下，应避免搔抓患处以防交叉感染及继发细菌感染。除上述列出的治疗措施外，患者还应注意保持良好的个人卫生习惯，以减少病毒传播风险。