如果在患卵巢囊肿的同时出现停经的情况，在临床上可以先通过抽血检查HCG（人绒毛膜促性腺激素）除外怀孕的可能性。如果没有怀孕，并且B超显示卵巢囊肿当中有液性暗区、直径＞2cm，则建议尽快做手术将囊肿切除。

因为随着卵巢囊肿的逐渐增大，有可能会发生蒂扭转的现象，这时就会导致急性腹痛的发生，并且会伴有恶心、呕吐等临床症状。另外，由于卵巢囊肿绝大部分是良性疾病，如果不及时处理可能会发生恶变，所以要给予相应的治疗措施。

如果是生理性黄体囊肿，在经过休息以后，过1-2个月黄体就会萎缩，而卵巢囊肿也会随之消失，这种情况引起的停经则不需要特殊处理。如果是病理性原因所引起，比如雌激素不足或者未破裂卵泡黄素化综合征，可以在医生指导下使用孕激素进行治疗，如地屈孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物。若效果不佳或病情加重时，应考虑用手术方法来解决，例如单纯卵巢囊肿切除术、输卵管卵巢切除术以及附件及全子宫切除术等。