新医学研究发现，当大脑基底核部位神经元突触发生病变时，会引起神经递质分泌及代谢障碍和人体中枢神经系统信息回路障碍。由于基底核区神经元突触病变发生神经递质紊乱，刺激所产生的传入中枢的神经信号在经过病灶区时会发生改变，致使大脑中枢接收错误信息。大脑中枢对错误信号进行识和别分析后发出对应的动作指令信号，传出信号在经过病灶区后再次改变，终导致传入信号与传出的动作指令信号不匹配，引发患者出现抽动障碍症状。

儿童抽动症病因：

1、短暂性抽动障碍可有家族聚集性，病儿家族成员中患抽动障碍者较为多见，故认为可能与遗传因素有关。

2、心理社会因素：于家庭生活事件如家庭不和、父母离婚、亲人死亡、学习负担过重等影响，抽动成为心理应激的一种表现。

3、器质性因素围生期损害，如产伤、窒息等因素可能与本症有关。

4、药源性因素某些药物如中枢神经兴奋剂、抗精神病药，长期服用可能产生抽动的副反应。

5、躯体因素起病往往由于局部激惹而产生抽动。如眼结膜炎或倒睫刺激引起眨眼；或因上呼吸道感染而出现吸鼻、面部抽动。当局部疾病原因去除后，抽动障碍状仍继续存在。