木鱼石杯子主要用于泡茶或饮水，使用时需经过清洗、预热、日常养护三个步骤。
新购木鱼石杯子需用清水浸泡12小时以上，去除石材表面粉尘和杂质。使用前用软布蘸取中性洗涤剂轻柔擦洗内壁，避免使用钢丝球等硬物刮擦。初次泡茶时建议选择绿茶或白茶等清淡茶类，沸水注入后静置5分钟倒掉，重复进行2-3次以达到活化矿物质的效果。日常使用时每次注入热水前可先用60度温水预热1分钟，防止温差过大导致杯体开裂。长期使用后若出现茶渍沉积，可用柠檬酸溶液浸泡2小时后用软毛刷清理。存放时应保持通风干燥，避免阳光直射或接触腐蚀性物质。
木鱼石含有锌、硒等微量元素，持续使用可能使水质更柔和，但不宜盛放碳酸饮料或酸性果汁。建议交替使用不同材质的饮具，避免单一矿物质过量摄入。若杯体出现明显裂纹或渗水现象应立即停用，孕妇及消化系统敏感者使用前可咨询中医师建议。