牡蒿具有清热解暑、凉血止血、祛风止痛等功效，主要用于治疗感冒发热、中暑、吐血衄血、风湿痹痛等症状。
1、清热解暑
牡蒿性凉味苦，能有效缓解暑热引起的高热烦渴、头晕胸闷等症状。夏季可配伍藿香、佩兰等煎汤代茶饮，或捣汁外敷太阳穴辅助退热。其挥发油成分对金黄色葡萄球菌等常见致病菌有抑制作用。
2、凉血止血
所含黄酮类物质能增强毛细血管抵抗力，适用于血热妄行导致的鼻出血、牙龈出血。鲜品捣烂外敷可止外伤出血，与白茅根配伍煎服对肺结核咯血有辅助疗效。脾胃虚寒者慎用。
3、祛风止痛
牡蒿乙醇提取物具有抗炎镇痛作用，对风湿性关节肿痛、跌打损伤有效。可配伍威灵仙、独活等药材泡酒外用，或制成膏药贴敷患处。孕妇及过敏体质者应避免使用。
4、抗菌消炎
体外实验显示其水煎剂对大肠杆菌、痢疾杆菌等肠道致病菌有抑制作用，民间常用鲜品煎水冲洗患处治疗湿疹皮炎。建议配合苦参、地肤子等药材增强疗效，使用前需做皮肤测试。
5、调节免疫
牡蒿多糖能促进巨噬细胞吞噬功能，改善体质虚弱者的免疫功能。可与黄芪、党参等补气药配伍，用于病后体虚调理。长期大量服用可能导致腹泻，应遵医嘱控制剂量。
使用牡蒿时需注意体质辨证，风寒感冒及阳虚怕冷者不宜。鲜品每日用量建议控制在30-60克，干品减半。外用避免接触黏膜部位，出现皮疹应立即停用。建议在中医师指导下配伍使用，不可替代正规抗感染或抗风湿治疗。储存时应置阴凉干燥处，防止霉变降低药效。