黄芩主治上呼吸道感染、胃肠炎、细菌性痢疾、病毒性肝炎、高血压等疾病。黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎等功效，主要适用于湿热证、肺热咳嗽、痈肿疮毒等情况。
1、上呼吸道感染
黄芩对上呼吸道感染引起的发热、咳嗽、咽喉肿痛等症状有缓解作用。黄芩中的黄芩苷等成分具有抗病毒和抗菌效果，能抑制多种病原微生物。临床常用黄芩配伍其他中药治疗风热感冒，如银黄颗粒、双黄连口服液等含黄芩的中成药。
2、胃肠炎
黄芩对急性胃肠炎出现的腹痛、腹泻有治疗效果。其苦寒特性可清除胃肠湿热，抑制肠道致病菌生长。常见配伍包括葛根芩连片、香连丸等制剂，能缓解湿热型腹泻伴有的里急后重感。
3、细菌性痢疾
黄芩对志贺菌等引起的细菌性痢疾具有抗菌消炎作用。其煎剂能显著抑制痢疾杆菌，改善脓血便、腹痛等症状。常与黄连、黄柏配伍使用，如复方黄连素片等制剂治疗湿热型痢疾。
4、病毒性肝炎
黄芩对乙型肝炎等病毒性肝炎有一定辅助治疗作用。黄芩苷可抑制肝炎病毒复制，减轻肝细胞损伤。临床常用黄芩苷注射液配合保肝药物治疗慢性肝炎，能改善肝功能指标。
5、高血压
黄芩对肝阳上亢型高血压有降压效果。其有效成分可通过扩张血管、调节中枢神经系统发挥降压作用。常与钩藤、夏枯草等配伍使用，如珍菊降压片等含黄芩的中成药。
使用黄芩需注意脾胃虚寒者慎用，长期服用可能引起食欲减退。建议在中医师指导下辨证使用，不可自行加大剂量。治疗期间应避免辛辣刺激食物，保持规律作息。孕妇使用黄芩制剂须严格遵医嘱，避免影响胎儿发育。出现过敏反应如皮疹、呼吸困难时应立即停药就医。