扁平疣有可能自行消退，但概率较低且时间较长。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤良性赘生物，其自愈与机体免疫力、病毒亚型、皮损范围等因素有关。部分患者可能在数月到数年内自行消退，但多数需要干预治疗。
免疫系统较强的青少年患者自愈概率相对较高。当机体免疫应答增强时，可逐渐清除表皮细胞内的HPV病毒，表现为疣体颜色变深、表面干燥脱屑，最终自然脱落。此过程通常无瘢痕遗留，但可能持续一年以上。保持规律作息、均衡饮食有助于加速自愈进程。
成人患者或免疫力低下者自愈可能性显著降低。HPV3型等亚型病毒更易形成持续性感染，疣体可能长期存在甚至扩散。摩擦刺激、皮肤破损等因素会导致自体接种传播，使皮损范围扩大。合并糖尿病、长期使用免疫抑制剂等基础疾病患者，自愈概率进一步下降。
建议扁平疣患者避免搔抓以防扩散，保持患处清洁干燥。可尝试局部涂抹维A酸乳膏调节角质代谢，或使用干扰素凝胶增强局部免疫。皮损广泛者可考虑冷冻、激光等物理治疗。若疣体突然增多或发红瘙痒，应及时就医排除恶变可能。中医认为扁平疣多因气血失和、外感毒邪所致，可配合清热解毒、活血化瘀的中药外洗方辅助治疗。