扁平疣可通过中药内服、外敷、熏洗、针灸及饮食调理等方式治疗，效果较好的中药包括马齿苋、板蓝根、薏苡仁、木贼草以及红花等。扁平疣多由湿热毒邪侵袭肌肤或气血失和所致，需结合个体体质辨证施治。
1、马齿苋
马齿苋具有清热解毒、散血消肿的功效，常用于湿热型扁平疣。新鲜马齿苋捣烂外敷患处，或煎汤内服均可帮助缓解疣体增生。其活性成分能抑制病毒复制，改善局部微循环，但脾胃虚寒者慎用。
2、板蓝根
板蓝根可抗病毒，对由人乳头瘤病毒引起的扁平疣有抑制作用。可煎水内服或浓缩液外涂，配合其他清热解毒药材如金银花效果更佳。使用期间需观察是否出现皮肤过敏反应。
3、薏苡仁
薏苡仁健脾利湿，适合脾虚湿盛型扁平疣。常与茯苓、白术配伍煎汤服用，有助于调节体内水湿代谢，减少疣体复发。炒薏苡仁研末调敷患处亦可辅助软化角质。
4、木贼草
木贼草外洗可祛风止痒、腐蚀疣体，多与香附、紫草同煎取汁湿敷。其硅酸盐成分能促进表皮细胞更新，但皮肤破损时禁用。内服需配伍其他药材以中和其刺激性。
5、红花
红花活血化瘀，适用于气滞血瘀型扁平疣。可制成酊剂外涂或与当归、赤芍配伍内服，改善局部气血瘀滞。孕妇及月经量多者禁用，使用后需避光防晒。
治疗期间应保持患处清洁干燥，避免搔抓以防扩散。饮食宜清淡，少食辛辣发物如海鲜、羊肉，适当补充维生素A、C增强免疫力。配合艾灸足三里、曲池等穴位可提升疗效。若疣体增大或泛发，建议及时就医结合激光等现代疗法综合调理效果更佳。