儿童分离性焦虑症的病因主要涉及遗传因素、家庭环境、教养方式、心理创伤以及神经生物学因素等。
1、遗传因素：
研究表明，分离性焦虑症具有一定的家族聚集性。如果儿童的一级亲属，如父母或兄弟姐妹，有焦虑症病史，那么儿童患病的概率会相对增加。这提示遗传因素在发病中扮演了角色。家长需要了解家族心理健康史，若存在相关情况，应更关注儿童的情绪变化，及时提供支持，并在必要时寻求专业评估。
2、家庭环境：
不稳定的家庭环境，如父母关系紧张、频繁争吵或离异，会破坏儿童的安全感，使其对与主要照料者的分离感到格外恐惧。家长应为儿童营造一个稳定、和谐、充满关爱的家庭氛围，减少家庭冲突对儿童的负面影响，这有助于降低其焦虑水平。
3、教养方式：
过度保护或过度控制的教养方式，会使儿童缺乏独立应对环境变化的机会和能力。当面临与父母分离的情境时，儿童容易产生强烈的无助感和焦虑。建议家长在保证安全的前提下，逐步鼓励儿童独立完成力所能及的事情，如自己整理玩具、在小区内与同伴短暂玩耍，以培养其独立性。
4、心理创伤：
经历或目睹了创伤性事件，如亲人去世、遭遇意外事故、被虐待或被忽视，会直接触发儿童对分离的恐惧。这些经历会让儿童将分离与危险或丧失联系起来。家长需密切观察儿童在经历重大事件后的情绪和行为反应，若出现持续的分离焦虑表现，如拒绝上学、夜间哭闹等，应给予充分的安抚，并考虑寻求儿童心理医生的帮助。
5、神经生物学因素：
儿童大脑中负责情绪调节的神经递质系统功能失调，特别是5-羟色胺和去甲肾上腺素系统的异常，可能与分离性焦虑症的发生有关。这些生物学基础使得部分儿童在面对分离压力时，更容易产生过度的恐惧反应。家长应认识到这是一种生理基础参与的疾病，而非儿童故意“不听话”，从而以更科学的态度配合医生进行干预。