失眠治疗仪一般没有明显副作用，但部分人群可能出现轻微不适。失眠治疗仪主要通过物理刺激调节睡眠节律，属于非药物干预手段。
失眠治疗仪常见类型包括声光刺激仪、经颅磁刺激仪和微电流刺激仪等。声光刺激仪通过特定频率的声波和光线诱导睡眠，可能出现短暂头晕或眼部疲劳。经颅磁刺激仪利用磁场作用于大脑皮层，少数使用者会感到头皮轻微刺痛或发麻。微电流刺激仪通过低频电流刺激耳部或手腕穴位，皮肤敏感者可能出现局部发红或刺痒。这些反应通常会在停止使用后自行消失，无须特殊处理。
极少数情况下，癫痫患者使用声光刺激仪可能诱发异常脑电活动，心脏起搏器佩戴者禁用经颅磁刺激仪。微电流刺激仪需避免用于皮肤破损处，孕妇及严重心脏病患者应在医生指导下使用。若出现持续头痛、心悸等异常反应，应立即停用并就医。
使用失眠治疗仪前应仔细阅读说明书，首次使用建议从最低强度开始。治疗期间保持规律作息，避免睡前摄入咖啡因和酒精。若失眠症状持续超过1个月或伴随情绪低落，需及时到神经内科或睡眠专科就诊。