功能性消化不良患者使用抗焦虑抑郁药可能与胃肠动力紊乱、内脏高敏感性和脑肠轴调节异常有关，通常需在排除器质性疾病后由医生评估使用。
功能性消化不良的核心病理机制涉及脑肠互动异常。胃肠动力紊乱表现为胃排空延迟或节律失调，抗抑郁药如氟西汀可通过调节5-羟色胺水平改善运动功能。内脏高敏感性指患者对正常胃肠刺激产生过度反应，三环类抗抑郁药阿米替林能降低脊髓后角神经元兴奋性。脑肠轴调节异常时，中枢神经系统对胃肠信号处理失调，帕罗西汀等药物可调节前额叶皮层与边缘系统功能连接。部分患者存在焦虑抑郁共病，舍曲林能同时改善情绪障碍和消化道症状。使用前需排除胃溃疡等器质性疾病，药物选择需考虑症状谱系，如促动力型消化不良宜选用多潘立酮联合小剂量抗抑郁药。
功能性消化不良患者除药物治疗外，建议保持规律饮食，避免辛辣刺激食物，采用少食多餐方式，餐后适度活动促进胃肠蠕动，同时配合认知行为治疗缓解心理压力，建立症状日记记录触发因素，定期随访评估药物疗效和不良反应，症状持续或加重时需及时复诊调整方案。