小男孩生殖器偏小可能由遗传因素、激素分泌异常、营养不良、慢性疾病或环境影响等多方面原因引起，需根据具体情况采取补充营养、调节内分泌或专科治疗等方法。
1、遗传因素
生殖器的大小在一定程度上受到遗传影响。如果父母一方在青春期或成年期也有类似情况，可能会遗传给下一代。不过遗传导致的情况通常不伴随其他病理性症状，只需观察孩子的发育是否与其年龄段正常范围一致即可。
2、生理因素和激素异常
睾丸分泌的睾酮等雄性激素对生殖器发育起重要作用。如果小男孩存在激素分泌不足如性腺功能低下或甲状腺功能减退，可能会导致生殖器发育迟缓或偏小。家长如发现孩子性腺发育迟滞或青春期症状延迟，应带孩子到内分泌科或儿科检查，医生可能会开激素检测、骨龄评估等相关检查。激素治疗如睾酮针剂有时可作为干预方案，但需在医生指导下进行。
3、营养不良
儿童生长发育需要摄入充足的营养，如果长期饮食缺乏蛋白质、锌、维生素A等关键营养素，可能影响全身和生殖器的发育。建议通过补充均衡的饮食如鱼类、鸡蛋、坚果、牛奶等促进孩子的全面生长。必要时可以在医生建议下服用复合维生素或锌补充剂。
4、慢性疾病或外部影响
一些慢性疾病如肾病、糖尿病会直接或间接导致营养吸收不足和内分泌紊乱，影响正常发育。环境中的干扰素如某些塑化剂和激素样物质也会妨碍性激素的正常功能，需避免长期接触含有这些成分的塑料制品或化学物品。
当发现孩子生殖器偏小时，家长首先应保持冷静，密切观察孩子的整体生长发育情况，并定期记录体格及生殖器的变化。如果伴随其他异常症状如睾丸体积小、青春期延迟、全身发育缓慢等，务必尽早就医，咨询专业医生进行全面检查和评估。